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食物微生物是與食物有關的微生物的總稱。包括生產型食物微生物（醋酸桿菌，酵母菌等）和食物變質（霉菌，細菌等）和食源性病原微生物（大腸桿菌，肉毒桿菌等）。食品微生物檢測機構告訴您食物微生物與人類聯絡嚴密，對食物微生物的了解、利用、和防治在很早以前就有很大的發展了。

因為微生物具有種類繁復、分布廣泛、代謝能力強、成長繁殖快、易培養、易變異、適應能力強等特點，存在于食物加工、餐飲業等各個環節中，微生物指標如不能到達相關規范，則將危害人類健康，食物微生物檢測已是食物安全檢測的中的重要項目之一。
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